Agnès Bénassy-Quéré a travaillé au ministère des Finances et de l’Industrie, avant de rejoindre les universités : Cergy-Pontoise, Lille 2, Paris-Ouest, et l’Ecole Polytechnique. Elle a ensuite été directrice adjointe, puis directrice du Centre d’études prospectives et d'informations internationales (CEPII) et présidente-déléguée du Conseil d’Analyse Economique.
Agnès Bénassy-Quéré est professeure à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne et à l’Ecole d’Economie de Paris, chercheure non résident à Bruegel et responsable du réseau de recherche du Center for Economic and Policy Research (CEPR).
Elle est aussi membre du Haut Conseil de Stabilité Financière, du Conseil général de la Banque de France, du Conseil des prélèvements obligatoires, du Conseil national de productivité, du Conseil d'analyse économique franco-allemand, du Cercle des économistes et est chercheure associée au CESifo.